蒼蠅主要滋生於環境髒亂、衛生條件不佳之場所，因此容易藉由蒼蠅而污染食物進而傳染疾病。目前知道蒼蠅可能傳染的疾病有：傷寒、霍亂、痢疾及其他腸胃消化道等疾病。
蒼蠅因形態身體多毛，所以容易被細菌附著。而其生態又常往來於垃圾場、廁所、市場、廚房、餐廳間覓食， 並且喜愛以腳來擦抹身體，使得腳上細菌因此更加遍佈全身，也增加了病媒傳染之機率。
利用物理的方式可以達到預防或消滅蠅類的除蟲方法，也可減少藥劑污染之虞，如利用黏蠅紙、黏蠅板、捕蠅燈等均可在室內誘殺蠅類。裝設紗門、紗窗或空氣簾則可預防蠅類進入室內；餐廳或廚房裝設暗走道，可防止蒼蠅直接侵入，以上均可達到物理方式的除蟲效果。此外，針對家禽家畜之糞便用曝曬或烘乾的方法，也可減少蒼蠅滋生 的數量。
可自行購賣一般殺蟲劑進行局部處理或請除蟲公司進行全面處理，以空間噴灑及殘效性噴灑防治成蟲、幼蟲可有效防治蠅類，荷爾蒙誘引劑及浸藥之蠅帶也可達到除蠅的防治效果。
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